Na gruzach przedwojennej instytucji już w 1945 roku rozpoczęło działalność Muzeum Miejskie zorganizowane przez polskie władze. Przejęło budynek, który podczas bombardowań lotniczych i ostrzału artyleryjskiego miasta w marcu 1945 roku został zniszczony w ponad 60 procentach. W wyniku trwającego 9 dni pożaru (20-29 III) wypaliły się mury, spłonął dach, całkowitemu zniszczeniu uległa kondygnacja pierwszego piętra; uszkodzone były także sklepienia w przyziemiu, przeszklenia wybite, a piwnice zostały zalane. Zniszczeniu uległa część zabytków, które pozostały w budynku, m.in. kilka gdańskich mebli, wyroby kowalstwa artystycznego, część kolekcji Lessera Giełdzińskiego z Sieni Gdańskiej; spłonęło 301 obrazów, a kolejnych 11 było poważnie uszkodzonych [1].
Prace nad organizacją muzeum, przejętego przez Wydział Kultury i Sztuki Zarządu Miejskiego, rozpoczęto już w kwietniu 1945 roku. W dniu 5 kwietnia przybył do Gdańska profesor Jan Kilarski z grupą współpracowników z Ministerstwa Oświaty w celu odnalezienia i zabezpieczenia ukrytych dzieł sztuki. W tym czasie wciąż przebywał w Gdańsku ostatni dyrektor Stadt- und Kunstgewerbemuseum, prof. Willi Drost, który podjął współpracę z polskimi władzami; dzięki jego wskazówkom możliwe było odnalezienie i przewiezienie do muzeum części zachowanych zbiorów, które pod koniec wojny zostały ewakuowane do podgdańskich miejscowości lub ukryte na terenie miasta. W ten sposób stopniowo powracały do muzeum obiekty z Pawłowa, Rzucewa, Sobowidza, Pręgowa, Przywidza i Grabin-Zameczku. Niestety, w wielu przypadkach miejsca ukrycia mienia muzealnego zastawano splądrowane; znajdowano skrzynie z potłuczoną porcelaną i szkłem, fragmenty zniszczonych zabytków rozrzucone po okolicy [2]. Równolegle z polskimi władzami poszukiwania cennych dzieł sztuki prowadzili Rosjanie; przybyłą już w marcu 1945 grupą Komitetu do Spraw Sztuki przy radzie Ministrów ZSRR kierował podpułkownik Leontij Denisow [3]. Brygada Denisowa, wspierana przez Sztab Rezerwy Armii, od początku kwietnia do sierpnia 1945 przeszukała dziesiątki miejscowości na terenie Pomorza, a także miejsca, w których znajdowały się dzieła sztuki ukryte w samym Gdańsku: Wielką Zbrojownię, piwnice Ratusza Staromiejskiego, a także piwnice dawnej Sparkasse, gdzie odkryto kolekcję liczącą 14 000 numizmatów. Owocem działalności Rosjan było 98 skrzyń z wyborem najcenniejszych zabytków, przewiezionych do Moskwy dwoma transportami we wrześniu 1945 i marcu 1946 roku, a zdeponowanych w Muzeum im. Puszkina.
Zabytki przewożone do muzeum z terenu Pomorza składowano na parterze w części ocalałej od pożaru, zabezpieczano i poddawano zabiegom konserwatorskim, prowadząc jednocześnie prace inwentaryzacyjne. Pierwszy inwentarz został opracowany w czerwcu i lipcu 1945 przez prof. Willego Drosta [4]. Równolegle trwały prace nad zabezpieczeniem i remontem zrujnowanego budynku. Przed przystąpieniem do odbudowy dokładnie przeszukano gruzy w spalonej części Muzeum w celu odnalezienia przysypanych eksponatów, za co przysługiwały premie [5].
W pierwszych miesiącach działalności Muzeum funkcję kierownika sprawował dr Edward Łepkowski. Od 15 grudnia 1945 roku placówką kierował dr Jerzy Güttler, a od czerwca 1946 – dr Jan Chranicki.
Odbudowa rozpoczęła się pod koniec 1946 roku i trwała przez kolejne 10 lat. Pierwsze ekspozycje, ukazujące dawną sztukę i kulturę Gdańska i Pomorza, zorganizowano w krużgankach i salach przyziemia. W dniu 1 maja 1948 roku nastąpiło otwarcie muzeum, które otrzymało nazwę Państwowe Muzeum w Gdańsku; obecni byli wiceminister kultury i sztuki Włodzimierz Sokorski oraz dyrektor Muzeum Narodowego w Warszawie prof. Stanisław Lorentz. 1 lipca 1948 roku instytucję przemianowano na Muzeum Pomorskie. Na intensywnie odbudowywaną kolekcję złożyły się dzieła sztuki zwożone z miejsc wojennej ewakuacji, rewindykaty, przekazy z Prezydium Miejskiej Rady Narodowej, składnic konserwatorskich, liczne dary oraz nowe nabytki. Zbiory zasiliły także depozyty z Muzeum Narodowego w Warszawie, głównie malarstwo polskie XIX i XX wieku.
Szerokie spektrum gromadzonych eksponatów pozwoliło na stworzenie odrębnych kolekcji: archeologicznej, historycznej, etnograficznej. Utworzone w muzeum działy: archeologiczny, morski i historyczny, po przekształceniu i wyodrębnieniu dały początek innym gdańskim instytucjom muzealnym. W ten sposób powstały: Muzeum Morskie (1960, obecnie Narodowe Muzeum Morskie); Muzeum Archeologiczne (1962); Muzeum Historyczne Miasta Gdańska (1971, obecnie Muzeum Gdańska). W dniu 7 X 1972 roku Muzeum Pomorskie otrzymało miano Muzeum Narodowego.
[1] Helena Kowalska, Straty wojenne Muzeum Miejskiego (Stadtmuseum) w Gdańsku, Seria Nowa, t. 1, Malarstwo, Gdańsk 2017, s. 44-45.
[2] Marta Krajewska, Powojenne dzieje zbiorów ceramiki i szkła Muzeum Narodowego w Gdańsku – odbudowa kolekcji w latach 1945-1953. Ludzie i fakty, w: Nowy początek. (Od)budowa kolekcji muzealnych po II wojnie światowej, red. J. Trupinda, A. Siuciak, Malbork 2019, s. 404.
[3] O działaniach grupy Denisowa w Gdańsku i na Pomorzu: Maria Korzon, Przyczynek do historii gdańskich zbiorów artystycznych, „Cenne, Bezcenne, Utracone”, 2000, nr 1 (19), nr 2 (20), nr 3 (21).
[4] Archiwum Biblioteki Muzeum Narodowego w Gdańsku, Inventar der Kunstgegenstände des Danziger Stadtmuseums übergeben Ende Juli 1945 [W. Drost], sygn. MNG/A/I/14.
[5] Krajewska 2019, s. 406-407.